Dominującym składnikiem genomu roślin okrytozalążkowych są sekwencje powtarzalne, w tym retroelementy. Rozmaita zawartość tych sekwencji powoduje zmienność rozmiarów genomu w obrębie zarówno gatunku, jak i rodzaju. Każdy rodzaj sekwencji powtarzalnych może być gatunkowo- lub genomowo-specyficzny albo występować powszechnie w obrębie rodzaju lub rodzin, wykazując charakterystyczną lokalizację w chromosomach. Do cech gatunkowych zalicza się chromosomowy wzór prążkowy oraz lokalizację 18S-5, 8S-25S rDNA i 5S rDNA. U allopoliploidów, w porównaniu z genomami ancestralnymi, mogą zachodzić zmiany polegające na translokacji fragmentów chromosomów i translokacji sekwencji powtarzalnych, specyficznych dla jednego z genomów na drugi oraz redukcja liczby loci rDNA i ich ekspresji. W ustalaniu pokrewieństwa między gatunkami istotne są wyniki GISH.