Jednym z procesów biochemicznych typowych dla programowanej śmierci komórki (apoptozy) jest degradacja DNA, odbywająca się w dwu kolejno następujących etapach. Degradacja chromatyny do fragmentów oligonukleosomowych poprzedzona jest wycinaniem z chromosomów fragmentów o długości 50 (i więcej) tysięcy par zasad. Z fragmentacją DNA związana jest kondensacja chromatyny obserwowana w komórkach ulegających apoptozie. Jedną z nukleaz odpowiedzialnych za fragmentację DNA w trakcie apoptozy jest DFF40/CAD. Aktywacja nukleazy DFF40/CAD polega na katalizowanej przez kaspazę-3 degradacji inhibitora nukleazy, białka DFF45/ICAD. Inne nukleazy mogące brać udział we apoptotycznej fragmentacji DNA to między innymi NUC18, DNaza g i DNaza II. Z pierwszym etapem degradacji DNA związana jest prawdopodobnie aktywność topoizomerazy II DNA.