Proteomika kliniczna zajmuje się badaniami na pograniczu chemii, biochemii i medycyny, wykorzystując nowoczesne narzędzia badawcze, jak m.in. techniki mikroekstrakcji i separacji złożonych próbek biologicznych, metody identyfikacji białek za pomocą spektrometrii mas i bioinformatykę. Na współczesną proteomikę składają się zarówno badania podstawowe, jak też badania kliniczne. Pomiędzy tymi dyscyplinami zachodzi ciągła wymiana informacji (translacja), przyczyniając się do stałego postępu wiedzy o określonych schorzeniach. Ten proces jest częścią biologii systemów, czyli zrozumienia, w jaki sposób funkcjonuje organizm człowieka. W rzeczywistości, czyli w praktyce laboratoryjnej, założenie to, jakkolwiek ambitne, napotyka na szereg trudności metodologicznych. Głównym problemem jest tu brak ogólnie przyjętej, standardowej strategii, umożliwiającej monitorowanie określonych schorzeń, a także brak kryteriów jakościowych dla tej, złożonej z szeregu etapów, strategii. Bez przyjęcia takich ogólnych norm, porównywanie wyników uzyskiwanych w różnych laboratoriach nie ma w tej sytuacji żadnego uzasadnienia. Już na etapie kolekcjonowania materiału biologicznego występuje wiele wątpliwości związanych z dynamiką przemian metabolicznych, wpływem: wieku, leków, środowiska, sposobu pobierania i przechowywania próbek itp. na końcowy wynik analiz. Dodatkowo, kilkanaście białek stanowi ponad 96% całkowitego składu białkowego surowicy, a zakres stężeń pomiędzy poszczególnymi składnikami sięga 1010. Jednoczesna analiza ogromnej liczby danych przekracza możliwości standardowego oprogramowania, dostarczanego wraz z aparaturą pomiarową. Kryteria selekcji uzyskanych danych także w sposób zasadniczy wpływają na wynik końcowy, a spektakularnym przykładem może być jedna z niedawnych publikacji, w której autorzy analizowali mieszaninę 6 białek standardowych, otrzymując w końcowym etapie wydruk komputerowy, zawierający identyfikację ok. 800 białek!! Czy w świetle powyższych faktów możliwa jest w ogóle rzetelna i powtarzalna analiza?