W ostatnich latach zgromadzono liczne dowody eksperymentalne wskazujące, że ekspresja niektórych genów jądrowych, w szczególności tych, które kodują białka chloroplastowe, podlega retrogradowej regulacji przez sygnały pochodzenia plastydowego. Regulacja może się odbywać zarówno na poziomie transkrypcji, jak i translacji mRNA. Niektóre sygnały pochodzenia plastydowego udało się zidentyfikować - należą do nich prekursory metaboliczne chlorofilu, stan redoks plastochinonu, tioredoksyny i glutationu a także translokator fosfoenolopirogronianu, zlokalizowany w wewnętrznej błonie otoczki chloroplastowej. Tożsamość innych sygnałów plastydowych, np. regulujących różnicowanie komórek i morfogenezę liścia, pozostaje niewyjaśniona. Sygnalizacja plastydy-jądro komórkowe i sygnalizacja zależna od światła pozostają w dość skomplikowanych relacjach; w niektórych przypadkach wykorzystywane są odmienne szlaki transdukcyjne, w innych częściowo te same. Sygnalizacja retrogradowa jest prawdopodobnie ważnym elementem globalnej sieci powiązań regulacyjnych kontrolujących metabolizm i rozwój komórek roślinnych.