W interfazowym jądrze komórkowym chromosomy zajmują określone miejsce zwane terytorium chromosomowym. Umiejscowienie poszczególnych chromosomów w jądrze zależy od fazy cyklu komórkowego, wielkości chromosomu oraz liczby genów aktywnie transkrybowanych. Całe chromosomy, jak również specyficzne geny mogą zmieniać swoją pozycję podczas różnicowania komórki, na skutek zmiany jej statusu proliferacyjnego, zmian w poziomie transkrypcji genów czy w wyniku działania czynników genotoksycznych lub zmian chorobowych.