Autofagia jest procesem powszechnie występującym u roślin jako reakcja na sygnały wewnątrz- i zewnątrzkomórkowe, odgrywającym także kluczową rolę w różnych biologicznych procesach, takich jak rozwój i odpowiedź roślin na abiotyczne i biotyczne czynniki stresowe. Proces autofagii spełnia przynajmniej dwie funkcje: a) chroni komórkę przed śmiercią spowodowaną brakiem składników pokarmowych oraz b) stanowi mechanizm, dzięki któremu zachodzi degradacja lub mobilizacja składników komórki zanim nastąpi jej śmierć. Wyróżniono trzy podstawowe, niewykluczające się wzajemnie, typy autofagii: mikro-, makro- i megaautofagię. Megaautofagia może być następstwem każdego z dwóch pozostałych typów. Podstawowy poziom autofagii funkcjonuje stale w komórce podczas jej normalnego wzrostu, podczas gdy w trakcie starzenia lub pod wpływem ekspozycji na stres, dochodzi do zwiększenia poziomu autofagii w celu odzyskania istotnych składników pokarmowych lub degradacji uszkodzonych białek lub organelli. Wiele badań potwierdziło znaczącą rolę autofagii w procesie programowanej śmierci komórki (PCD) zachodzącej w warunkach stresu oksydacyjnego, osmotycznego, suszy, zasolenia, jak też infekcji patogenami. Jedna z dość popularnych hipotez zakłada, że w pewnych, specyficznych warunkach autofagia promuje przeżycie komórki. Spekuluje się, że u roślin nie jest ona skutkiem egzekucji samej PCD wynikającej z nadwrażliwości komórki, ale jest niezbędna, aby PCD ograniczyć, np. do miejsca infekcji. Proces autofagii wykorzystuje dwa przeciwstawne mechanizmy – służące przeżyciu komórki lub jej śmierci, a oba są uwarunkowane stopniem aktywacji autofagii. Zależne od autofagii przeżycie lub śmierć komórki podlega ścisłej regulacji i zależy od warunków środowiskowych (takich jak działające bodźce) oraz od etapu rozwoju lub typu komórki. Ostateczne wyjaśnienie funkcji autofagii jako mechanizmu podtrzymującego przeżycie lub promującego śmierć u roślin w warunkach stresu wymaga dalszych badań.