Neocentromery są strukturami w pełni aktywnymi w procesie separacji chromatyd i ich kierowania ku biegunom wrzeciona podziałowego podczas mitozy i mejozy. Nukleosomy chromatyny centromerowej zawierają białko CENP-A i jego homologi, będące wariantami histonu H3 i decydujące o tożsamości centromeru/neocentromeru. Neocentromery powstają w odległych, niecentromerowych strefach chromosomów i dlatego zawierają DNA inny niż centromerowy. Utworzenie centromeru może być odpowiedzią na dezaktywację endogennego centromeru. Neocentromery tworzą się zwykle w wyniku rearanżacji chromosomów, na ich fragmentach acentrycznych, dzięki czemu taki fragment może przemieszczać się prawidłowo do biegunów wrzeciona. Do 2004 r. u człowieka opisano 70 przykładów występowania neocentromerów, powstałych w wyniku rearanżacji chromosomów. Szczególnie podatne na ich tworzenie są ramiona chromosomów 3q, 13q i 15q. Powstanie funkcjonalnych neocentromerów może być indukowane in vitro na minichromosomach ssaków oraz na ludzkich sztucznych chromosomach. Neocentromery tworzą się po wprowadzeniu do komórek w kulturach in vitro drogą transfekcji lub mikroiniekcji centromerowego DNA. U roślin prawdziwe neocentromery, tj. zawierające białko CENH3 (homolog CENP-A) oraz inne białka centromerowe i kinetochorowe, tworzą się w wyniku rearanżacji chromosomów. Nazwę „neocentromery” nadaje się niesłusznie dużym blokom heterochromatynowym, zwanym knobami, zawierającymi powtórzenia DNA o długości 350 pz i 180 pz. Knoby łączą się z mikrotubulami i szybko przesuwają się ku biegunom podczas anafazy II podziału mejozy. Knoby nie zawierają ani CENH3, ani jakichkolwiek białek centromerowych. W jądrach endopoliploidalnych, pozbawionych zdolności do podziałów mitotycznych, zwielokrotnieniu DNA centromerowego nie towarzyszy proporcjonalne zwiększenie poziomu CENH3. Neocentromery człowieka powstające w prążkach euchromatynowych zawierają, podobnie jak endogenne centromery chromosomu 8. u ryżu, sekwencje unikatowe. W przeciwieństwie do typowych centromerów zarówno w neocentromerach, jak i w regionach centromerowych u ryżu może zachodzić proces transkrypcji.